Stari grad Tragurion ("otok koza") osnovan je kao trgovačko naselje grčkih kolonista s otoka Visa (Zssa), u 3. stoljeću prije Krista na otočiću na zapadnom kraju uvale Manios, u tjesnacu između kopna i jednog od jadranskih otoka, gdje je već bilo malo naselja. Helenski grad bio je okružen megalitskim zidinama, a ulice su bile postavljene na "hippodamski" način. Grad je cvjetao u rimskom razdoblju kao oppidum civium romanum, povezan sa susjednim gradovima Salone, glavnim gradom rimske pokrajine Dalmacije, i Siculi, kolonijom rimskih vojnih branitelja. Tijekom kasnog rimskog razdoblja produžen je i refortificiran. Otkrivena su i opsežna rimska groblja izvan grada, a kao što je bilo uobičajeno, podignuta je bazilika u jednom od njih u kasnorimskim vremenima. Premda nije bio u biskupiji u ranoj kršćanskoj dobi, Trogir je bio bogat dvjema velikim bazilikama sa sjedištem u kojemu se danas nalaze katedrala i benediktinska crkva sv. Ivana Krstitelja.

U drugoj polovici 9. stoljeća Trogir je postao dio bizantske Dalmacije, sa svojim glavnim gradom Zadrom, a Venecija ga je okupirala krajem 10. stoljeća. Rani srednjovjekovni Trogir proširio se na jug i izgrađene su nove utvrde. Početkom 12. stoljeća Trogir je prihvatio mađarsku vladavinu. Početkom 14. stoljeća trajalo je kratko razdoblje venecijanske vlasti, ali sve do 1420. godine grad postaje dio venecijanskog carstva. Između 13. i 15. stoljeća došlo je do izgradnje novih građevina, katedrale i tvrđave Camerlengo, radikalne pregradnje glavnog trga, te dvije rekonstrukcije i jačanja utvrda. Ugovor o Campoformiu predao je Trogir Austro-Ugarskom Carstvu, kojem je pripadao, osim kratkog razdoblja pod francuskom vladavinom (1806.-ih), kao dio ilirskih provincija do 1918. godine.